N50是一個用來評估de novo assembly效果好壞的方法之一。當我們把contig或scaffold從大到小排列後，從最大的contig開始進行長度的累加，當累加長度達到全部contig或scaffold總長度的50%時，這時所加上的contig或scaffold長度，即為N50。如下圖所示：
而N50的50，即為50%的意思。同理，N25即代表25%；N75即代表75%。數字越大，則評估條件越嚴苛。
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- Aug 20 Sat 2011 01:29
N50
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