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FPKM 是 Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads 的縮寫，FPKM 與 RPKM 其實是幾乎一樣的東西，都是用來衡量 transcripts (mRNA) 表現量的一種指標，兩者主要的不同在於計算單位上的不同，RPKM 是以 Reads 為單位，而 FPKM 是以 paired-end reads 為單位，一對 paired-end reads 視為一個 Fragment，所以 FPKM 僅適用於 paired-end 的定序資料。
在 RPKM 中，只要 read 能 map 到 transcripts，即列入計算，在 FPKM 中，只有 paired-end reads 都能 map 到 transcript (在符合 quality 條件下)，才列入計算，若 paired-end reads 中只有一個 read 能 map 到 transcript，或是其中有某個 read 的 quality 太差，都不會列入計算。

FPKM 目前主要常見於 Cufflinks 這個 RNA-Seq 分析軟體的分析結果上。