新興感染(emerging infection disease)疾病的病原可能來自於：
- 尚未偵測到或者未知的病原
- 已知的病原但散佈到新的地理位置
- 已知病源經過突變感染更強
對於新興感染疾病的預防，其中重要的一部份就是主動尋找偵測可能造成疾病流行的病源。國外學者發現包含蚊子、線蟲等無脊椎動物的small RNA中會帶有遭到感染的病毒序列，且彼此之間有overlap，可組裝出完整病毒序列[1]；除此之外有時候甚至可以組出一組以上的病毒，且與已知病毒序列比對發現存在著差異，有new species存在的可能性，因此認為定序其small RNA可做為檢測病源的方法。Maijuan Ma[2]以家蚊為實驗對象分析其small RNA，組裝比對到具有大部分相同序列(80%)的三種病毒，分別為Aedes albopictus parvovirus, Anopheles gambiae densonucleosis virus, Aedes aegypti densovirus strain 0814616，為了確認答案，將組裝好的三種病毒genome作為reference，將reads貼回此三種reference genome上後，map比例最高者為Anopheles gambiae densonucleosis virus(78.5%)，且組裝出來的consensus region與最新發表的的同種病毒(Anopheles gambiae)序列有98%的相似度，接著以PCR方式進一步確認，僅有Anopheles gambiae densonucleosis virus得到positive的結果，因此確認感染的病毒是Anopheles gambiae densonucleosis virus。無脊椎動物抵抗病毒感染的機制使得病毒片段出現於small RNA中尚未完全清楚，且coat protein的coverage最高，non-structure protein排行第二[2]，此生物現象發生的原因也不清楚，這些問題仍待未來更深入的研究闡明。
References:
- Wu, Q., et al., Virus discovery by deep sequencing and assembly of virus-derived small silencing RNAs. Proc Natl Acad Sci U S A, 2010. 107(4): p. 1606-11.
- Ma, M., et al., Discovery of DNA viruses in wild-caught mosquitoes using small RNA high throughput sequencing. PLoS One, 2011. 6(9): p. e24758.
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