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過去在進行 miRNA 的研究時，大多是以定序得到的短片段RNA(18~24 bp)去比對 miRBase ( miRNA precursor 或 mature miRNA)，找出miRNA 的種類的表現量，但是這種方法主要的問題在於:

1. 需要依賴miRBase 的完整性，miRBase沒有記錄的miRNA 即無法被發現;
2. 只考慮到 mature miRNA 的序列相似度，但是卻忽略 miRNA形成過程(pri-miRNA → pre-miRNA → mature miRNA)中pri-miRNA 與 pre-miRNA 會形成 hairpin 結構的特性;即便某樣品的短片段RNA能比對到 miRBase ，但是在 transcriptome 上卻無法形成 hairpin 結構，亦很難認定該短片段RNA 是有表現的 miRNA。

為了解決傳統方法的問題，最近有些研究同時考慮了 miRNA 與 transcriptome 序列，並以多個面向進行分析:

 在transcriptome方面:

1. 進行transcriptome 註解
2. 檢測transcriptome 的表現量
3. 進行GO分析
4. 進行KEGG 分析

 在miRNA方面:

1. 找出Conserved miRNA的種類(同時考慮 mature miRNA 的相似性 與 transcriptome 是否存在該 miRNA 的 precursor 的序列)　
2. 發現Novel species-specific miRNA　(分析方式請見:預測Novel miRNA 原理簡介　http://yourgene.pixnet.net/blog/post/89503161)
3. 檢測miRNA 的表現量
4. 預測miRNA target

 在transcriptome與miRNA方面:

1. 比較miRNA 與其 target transcriptome 表現量之關聯性

 在實驗驗證方面:

1. 利用qPCR驗證transcriptome的表現量
2. 利用 qPCR 驗證 miRNA 的表現量
3. 利用 5' RACE 驗證 miRNA target site