一般在做全基因體比較時,通常會先得到全基體的序列,然後再比較基因體之間的差異。

但是,當我們還不知道這些基因體是否存在差異前,貿然進行全基因體定序,倘若結果未能如我們預期,定序所花費大量的人力、物力與金錢無異是種浪費。

在定序前,我們可以先以 Optical mapping 來分析我們要比較的基因體:

  • 如果基因體間沒有差異,我們就可以節省時間與金錢,不必再做進一步的定序。
  • 如果基因體間存在差異,再進行定序的工作,如此不但工作較有效果,而且Optical mapping 的結果亦可輔助全基因定序的工作,提升全基因體定序的效率。


此外,有時我們所感興趣並非全基因體,只有基因體間差異之部分,此時,我們若先進行 Optical mapping,我們就可以找到基因體間差異之處,然後針對差異之處進行深入之研究,就不需要把時間與金錢花費在不必要的地方。

下圖為 Optical mapping 差異的細部圖,在左方框中,白色的部分為基因體間差異處,右方框中,藍色部分則表示基因體間相同處。

新圖片2.png  


下圖為基因轉置時 Optical mapping 的結果

OM_Genome_comparison.png  



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  • 那如果想要做尚未有database的物種全基因體呢? 只能找親源最接近的物種比對囉? 如此一來 mapping的差異會更大,有其他解決的方法嗎?
  • 一般而言,A 物種與 B 物種相比,我們得到的只是 A 與 B 的差異,假設我們真正想以 A 物種去比的是 C 物種,而以近似的 B 物種來替代的話,那得看 B 與 C 的相近程度有多少,越接近,這樣替代的比較才會比較有意義。
    若 B 與 C 本來就不太相近的話,還是要定序 C 物種或是做 C 物種的 optical mapping 再去做比對才能得到有意義的結果。

    YourGene 於 2012/01/23 21:15 回覆