目前分類:次世代定序NGS (46)

瀏覽方式: 標題列表 簡短摘要

作者:王育彬/有勁生物科技

 

由於次世代定序的協助,我們對人類基因體序列的掌握已有相當程度;要定出單一個體的基因體,在成本或技術上來說都不是難事,甚至連從基因體的比對參考來取得個體基因的異常資料、從基因重大缺陷來預測個體的疾病發生機率等,如今也都可算是垂手可得的知識與技術了。然而,單靠基因序列的分析卻仍難以得知某些疾病與基因的相關性,好比相同基因型卻出現不同表現型等諸如此類的情況;因此,後天環境影響基因表現的表觀遺傳學 (Epigenetic)便成了近年來熱門的研究主題之一。

 

文章標籤

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

作者:吳上豪/有勁生物科技

 

Flow cell是含有管道的一片玻璃,能提供空間給定序樣品在其中擴增產生叢集(cluster),可說是Illumina定序的主要舞台;定序試劑在玻璃上的管道內流通,而定序便靠著偵測辨認各叢集所放出的螢光訊號來進行(請參考有勁部落格文章《次世代定序(Next Generation Sequencing, NGS)》)。Illumina於2014年推出patterned flow cell技術1並將之應用在HiSeq X ten、HiSeq 3000、HiSeq 4000等較新的機型,降低了定序的成本。Patterned flow cell的特性,以及與舊式flow cell (non-patterned flow cell)之間究竟有何差異?本篇文章這就帶您了解。

 

文章標籤

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

作者:黃勤方/有勁生物科技

 

癌症免疫治療目的是透過疫苗去啟動癌症的免疫週期,希望藉由活化患者的T細胞去正確分辨腫瘤細胞與正常細胞,讓免疫系統只針對腫瘤細胞進行毒殺,能更有效專一地控制腫瘤的生長與惡化。腫瘤的發生與基因突變有關;引發與維持腫瘤生長存活的「大哥級」關鍵性突變─driver mutation(驅動突變),以及其他看似不太重要的「跟班級」突變─passenger mutation(附隨突變),不論是哪一種,都有可能改變蛋白質序列。從免疫的角度來看,也就是說,基因突變有可能讓腫瘤細胞表現出正常細胞所沒有的蛋白─新生抗原(neoantigen),而該蛋白上決定抗原特異性的胜肽區域即為新生抗原決定位(neoepitope)。1如何利用找出患者癌細胞的基因突變位點、以及具特異性的新生抗原決定位,來正確預測並選出合適的新生抗原標的,然後設計出個人化的癌症疫苗,是當今醫學界的新挑戰。

 

文章標籤

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

作者:陳崇斌/有勁生物科技

 

  次世代定序技術推出至今不過短短10年左右光景,便已經被廣泛應用在各個領域。此外,其文庫製備(library construction)上的方法有很豐富的多樣性,從最基本的RNA-Seq、DNA-seq到複雜度高的EpiRADseq等,涵蓋了幾乎所有分子生物學領域,包括genomics、transcriptomics、epigenetics,這是其它分子生物學技術望塵莫及的。光是NGS的方法估計就超過400種1,且種類還在持續增加中,只不過,目前還沒有一個系統化的命名法則。有勁生物科技成立至今已經邁入第八個年頭,幾乎每年都有客戶拿我們未曾聽聞過的NGS方法名稱提出諮詢,這對公司進行NGS服務項目產品分類時,也會帶來一定程度的窒礙。

 

文章標籤

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

作者:林佑軒/有勁生物科技

 

日常生活中,我們去金飾店購買以重量計價的金飾時,要如何確認同一金飾在不同店家其秤重結果會一樣?店家的電子秤通常都已經過砝碼校正確認,而這些砝碼本身也都校正過並確認對應符合國際度量衡局的標準重量,所以使用經砝碼校正後的電子秤,不論何處買的金飾,店家皆應能提供公正的重量及售價。在NGS應用領域中,是否也有類似砝碼那樣的校準物可參考呢?

 

文章標籤

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

作者:金漢強/有勁生物科技

 

從第一台商業應用的次世代定序儀器推出至今已有十餘年;此期間的次世代定序技術與應用持續蓬勃發展。而次世代定序應用服務,尤其是臨床上的,應該如何進行呢?最近一期《基因體與人類遺傳學年度回顧期刊Annual Review of Genomics and Human Genetics》1提供我們如下的建議。

 

文章標籤

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

者:吳上豪/有勁生物科技

 

次世代定序問世已超過十年,許多不同定序原理的平台系統陸續推出。有勁生技提供Illumina與Ion Torrent系統的定序服務,相信許多人會有個疑問:不同平台系統是否會影響定序分析的結論呢?本文將引用2017年8月份發表在BMC Genomics的文獻,比較Illumina HiSeq 2500與Ion Torrent Proton的RNA定序能力與結果。

 

文章標籤

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

作者:林志鵬/ 有勁生物科技

 

在第三代定序的產品裡,最令人感興趣的莫過於Oxford Nanopore MinION系統 (小小兵?!)。在2012年的時候,Oxford Nanopore開始推出一系列的定序儀器,其中包含了掌上型的MinION系統,如下圖。

 

文章標籤

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

作者:林佑軒/有勁生物科技

 

隨著天氣漸涼,逐漸進入流感盛行的季節,流感為急性病毒性呼吸道疾病,雖免疫力正常的人大多可在醫師的治療下痊癒,但重症者可能造成肺炎而危害到性命,加上有容易傳染散播的特性,所以仍不可輕忽。105年度的公費流感疫苗已於101日可開始於各醫院診所或衛生局洽詢施打,今年度針對免費施打對象有放寬條件,可到衛服部網頁進行查詢1

流感病毒Influenza virus屬正黏液病毒科Orthomyxoviridae,其遺傳物質為單股負股RNA。在主要的分型上,分為A型、B型與C型流感。A型感染的對象為人或其他雞或鳥禽類,也是主要常見的感染種類,A型流感依據表面蛋白Hemagglutinin(HA)Neuraminidase(NA)種類的不同,又可分subtypesH1-H18N1-11B型感染的對象為人與海豹,較少單獨造成大規模的流感疫情,且與A型流感不同,B型流感並無HANA subtypes的分類。C型感染的對象為人與豬,相對於A型或B型流感更少見2。流感病毒難以防範的其中原因是病毒具有容易變異的特性,難以施打一種疫苗便能長期具有保護,變異的情況多為病毒表面的surface glycoprotein mutation或是不同strain間的基因相互重組(reassortment),且其中A型流感能夠在人與雞鳥禽類共通傳染,又更增加其變異與傳染的能力3

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

次世代序列定序 (NGS)已被廣泛應用於各種疾病的研究,藉由尋找疾病特有的變異特性了解生物機轉改變的原因,進而應用於精準的醫學檢測及個人化醫療的可能性 (以癌症為例,可參考Oncomine 精準醫學在癌症領域的應用)。 台灣團隊 [1]於2016年發表於Journal of Molecular Medicine探討卵巢內的異位性子宮內膜所造成的卵巢癌為例,研究該疾病在台灣患者DNA發生變異的情況及屬於該疾病之個體變異。

前情提要:
卵巢癌被稱為恐怖的隱形殺手,其主因是患者初期不會有明顯的症狀,被確診的時候往往已是晚期且癌細胞已發生轉移,導致致死率極高 (表1)。依照衛福部的統計,卵巢癌在台灣地區103年度之女性十大癌症死亡率排名中的第八名,雖然死亡率相較其他癌症低,但致死率卻是第一名。

文章標籤

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

GRAIL

目前世界廣泛應用的次世代定序(Next Generation SequencingNGS)技術,概括區分為利用光學方式(以Illumina儀器領先國際)或化學方式(以Ion Torrent 技術獨步全球)進行核酸(DNA / RNA)定序,解開生物體內的基因樣貌,隨著技術發展的精進,NGS儼然從學術層級的研究發表,往上提高到醫學的臨床檢驗,其中以非侵入性產前染色體檢測 (Non-Invasive Prenatal TestingNIPT) 應用最廣泛,也造福許多家庭,生物醫學科技發展始終來自於人體健康需求,癌症也一直是醫學界想克服的問題,傳統的「癌症早期發現」雖患者本身無察覺,但體內卻已存在為數眾多的癌細胞了,因此如何比早期還要更早發現可能癌變的細胞?是現今科學家想突破的關鍵環節。

CTC & ctDNA

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

今年因負北極振盪的效應,強烈的北極寒風往南長驅直下,台灣也受到霸王寒流的影響,出現難得一見的雪花紛飛景象,全台灣各地忙於「賞雪」與「雪拚」。罕見低溫對人體健康危害也是不容小覷,尤其與心血管相關的健康關係甚密,例如:天寒血管收縮容易有血壓升高情形,進而誘發心臟相關的疾病(心絞痛、心肌梗塞等),特別是心血管疾病之高危險群(年邁長者及代謝症候群等),對此氣溫驟降更要特別謹慎小心。

淺談NGS對於心血管疾病的研究情形 1  

根據衛生福利部統計,在台灣雖然癌症仍然佔據十大死因第一名,但心臟疾病和腦血管疾病則是位居第二和第三名,在民國103年奪走19,400條寶貴性命,平均每27分鐘就有1人死於心血管相關疾病。放眼全球,世界衛生組織也指出,心血管疾病是全球死亡的頭號殺手,每年都造成全球約1710萬人死亡,佔全球總死亡人數31%。造成心臟病死亡的危險因子很多,包含三高(高血糖、高血壓、高血脂)、肥胖與吸菸等原因。除此之外,心血管疾病有部份也是遺傳的原因,尤其以冠狀動脈的心臟疾病,大都為家族性遺傳所造成。然而,心血管疾病(Cardiovascular diseaseCVD)的成因複雜,就分子生物學的觀點切入,許多複雜因子交互作用影響著人體,包括:基因轉錄前去氧核醣核酸(DNA)之表觀遺傳現象、轉錄層次核醣核酸(RNA)的調控,乃至轉譯後蛋白質參與相關的生化代謝途徑等,這些都是可能引發心血管疾病的環節之一(Schnabel et al., 2012)。

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

Ion S5 五大特點

科技始終來自於人性,基因探索解開生命謎題,隨著科技的發展,很多人性化的設計於是乎一一的成形,造就許多劃時代的發明,最顯著的例子就是智慧型科技產品,把電腦結合手機,改變世界流行。次世代定序(Next Generation SequencingNGS)隨著生技與資訊潮流的演進,更是將儀器整併,發展成實驗室的桌上型,Ion Torrent 研發『Ion S5』新一代的定序儀,以簡單操作為前提,讓生技耳目一新,本公司也接軌NGS最新訊息,2015年第4季也率先引進,兼顧定序品質與效率,目的為向上提升與更新,讓您獨步NGS的生技流行。

Ion S5』提供五大定序特點,如下所敘:

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

GATTACA

 

 

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

研討會實況記錄

 

 

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

CSI 重返犯罪現場 NGS  

自人類有歷史以來,就有犯罪的發生,其原因各殊且程度也有差別。如何防杜這些層出不窮的案件,並從中釐清案情的來龍去脈,這些課題就顯得格外重要,隨著生物科技時代更替,許多破案關鍵也都仰賴於此,將生物科技引入犯罪的相關調查與研究,更成為炙手可熱的話題,不僅讓棘手案件抽絲剝繭,更試圖從中尋找蛛絲馬跡,利用微物跡證讓開棺驗屍不再沉默不語。

 

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

賈伯斯  

當前激烈的市場競爭態勢下,每凡新商品的推出,總需要廣告行銷,提升產品知名度,若經由名人試用或代言後,或多或少有黃袍加身效果,以及吸引許多鎂光燈的焦點,在體壇上幾位知名的運動產品代言人,例如:籃球大帝詹姆士(LeBron James)、足球天才梅西(Messi)以及網壇世界球王喬科維奇(Djokovic)等,都是替廠商帶來龐大的商機

NGS基因定序的市場亦是如此,英特爾公司(Intel)創辦人之一,同時也是 IC(積體電路)領域中,提出摩爾定律( Moore’s Law)的高登摩爾(Gordon Moore),是第一個利用非光學概念(Post-light sequencing)進行定序的企業名人;然而,已故的蘋果電腦創辦人賈伯斯(Steve Jobs),其實罹患胰臟癌時,也曾花費10萬美金尋求先進的基因醫療,由當時 Foundation Medicine研究團隊(研究人員由MIT麻省理工學院和哈佛博德研究所組成),進行相關定序實驗檢測,目的是找出癌細胞與基因之間的癥結點,了解基因有哪些缺陷導致癌症?最終,賈伯斯儘管不敵癌症的侵襲,但卻留下了那麼一句話:「我若非是基因定序而成功抗癌的第一人,就是最後因癌症辭世的人。(I’m either going to be one of the first to be able to outrun a cancer like this, or I’m going to be one of the last to die from it.)」。由此可見,賈伯斯對於基因定序的醫學價值,仍堅信是未來的抗癌療法,這些企業名人的親身經驗,都為NGS基因定序創造更多生技醫學的話題

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

  

 

現今電腦科技的突飛猛進,早已跳脫摩根定律。2001年大導演史蒂芬史匹柏所執導的電影「AI人工智慧」,乃至於2004年威爾史密斯所主演的「機械公敵」,都是以智慧型機器取代工業與生活所需,工作面貌則呈現來勢洶洶的機器大軍。從法國工業革命到現代的產業革命,從半自動的設備躍升為智慧型的自動化儀器,機器始終扮演重要的角色。次世代定序科技(Next Generation SequencingNGS)的實驗操作,在智慧型機器化的氛圍薰陶下,也催生了全自動化實驗操作設備,本公司因應時代創新潮流,更是引進這套全自動的實驗系統『Ion Chef System』,這台儀器好比一台五星級的主廚快餐車,定序DNA樣品都可經由 Ion Chef 自動化的流程,進而完成定序前的處理作業,讓定序實驗的安排流程更有效率,品質更為一致性,亦省去人為實驗的時間束縛。機器人時代來臨,就投資角度而言,取代傳統人力,的確有助於企業長期獲利及產品穩定品管,這是未來勢在必行的方向,或許會發生不可預知影響,也可能會產生大量的取代事件,未來改變只會更快速,或許顛覆現在所想像,僅管如此,我們依然要充分準備好迎接智慧機器次時代的來臨。  

 

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

為確保育種者的智慧財產權避免侵權事件、檢測作物是否為混合品種與協助追查農產品走私等皆需進行作物品種鑑定,因此良好的鑑定技術將有助於作物品種鑑定。

 

近年來國內已有多個單位透過簡單重複序列分子標誌多型性分析進行作物品種鑑定,以下針對簡單重複序列進行相關說明:

簡單重複序列 (simple sequence repeat) 簡稱SSR,又可稱為微衛星序列 (microsatellite),是一種以2~6個核苷酸為一個 motif 的重複性序列,普遍存在於所有原核與真核生物基因體 (genome) 中。簡單重複序列於單一基因座 (single locus) 具有多重對偶基因 (multiple alleles) 與共顯性 (codominance) 遺傳的特性,此外簡單重複序列motif發生突變的機率相較於基因體的其他區域高,促使簡單重複序列於每個個體間存在著高度的變異性進而造就簡單重複序列成為鑑別度良好的分子標誌。

YourGene 發表在 痞客邦 留言(0) 人氣()

自2005年Roche推出Roche/454 Genome Sequencer 20 System後,開啟了次世代定序的大門,經過不到10年的時間,第三世代的定序技術平台也問世了。本篇文章主要是介紹2010由Pacific Biosciences 公司發表的定序平台---PacBio RS,以及其定序原理---Single Molecule Real Time (SMRT) technology。

20131121_pic1  

Figure 1. Zero-mode wave-guides (ZMWs) – small well-like containers & SMRT Cell & PacBio RS (擷取自http://smrt.me d.cornell.edu/FAQs.html)

 

文章標籤

YourGene 發表在 痞客邦 留言(2) 人氣()

1 23

您尚未登入,將以訪客身份留言。亦可以上方服務帳號登入留言

請輸入暱稱 ( 最多顯示 6 個中文字元 )

請輸入標題 ( 最多顯示 9 個中文字元 )

請輸入內容 ( 最多 140 個中文字元 )

請輸入左方認證碼:

看不懂,換張圖

請輸入驗證碼