相較於傳統的microarray方法,RNA sequencing究竟有著什麼樣的優點,讓我們必須讓我們從microarray轉換到RNA sequencing呢?


RNA seq 不需預先知道genome sequence,但Microarray 需預先知道genome sequence才能進行。因此,即便是尚未完全解序完成的物種,RNA seq仍能偵測其RNA的表現量。

RNA seq 能偵測到所有表現的基因,就算是尚未被發現的基因,仍能偵測其表現量,故能發現到新的基因; 但microarray對於基因的表現則受限於探針(probe)的設計,對沒被設計到探針(probe)的基因,就沒辦法偵測到其表現量,所以不具發現新基因的能力。

RNA seq 偵測基因表現量的靈敏度與解析度較傳統microarray高,其能偵測RNA表現量的動態範圍較microarray高出80倍以上。

RNA seq 不只能知道RNA的表現量,同時能偵測SNP、INDEL與alternative splicing form。

RNA seq能偵測到整個基因的表現狀況,若RNA受到miRNA或其他後轉錄調控機制的影響,RNA seq均能忠實反映這些狀況; microarray僅能就RNA與探針(probe)雜交之序列處進行偵測,即便基因的RNA在中間被降解了,在mricroarray仍會被判讀為該基因有表現,誤判基因的表現狀況。

假如基因在與probe配對處的序列發生變異,即便基因有表現,也會因序列沒辦法雜交(hybridize),而無法偵測到基因的表現,但是RNA seq卻不會受這樣的變異的影響,仍能正確偵測基因的表現量。

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