【Optical Mapping】2015 訓練課程 @ 有勁的基因資訊

生物多樣性研究中心2015訓練課程 ( IV ) —租用型大型儀器使用說明會

Optical mapping儀器說明會

［緣起說明］

本次開闢之說明會，適合從事基因體學研究的研究人員和助理參加。目的在協助明瞭儀器的技術原理應用以及送件方式。

◎基因體限制酵素圖譜系統說明會Optical mapping System說明會

Optical Mapping技術，不需要經過cloning、PCR及hybridization等分子生物學技術，也不需要任何核酸序列的資料，就可提供高解析度的全基因體之限制酶圖譜 (whole genome restriction map)。其技術原理，是將DNA拉直、固定、限制酶剪切、螢光染色後，利用螢光顯微鏡與資訊系統，擷取限制酶圖譜的資訊並進行組裝，產生全基因體限制酶圖譜。

在獲得全基因體限制酶圖譜後，主要可以進行以下三種應用：1. Strain Typing：可以用來物種鑑別，其解析度高於脈衝式電泳(PFGE)的方法。 2. Comparative Genomics: 可以比較物種間的基因重組的狀況，如insertions、deletion、inversion及repeat-rich region，以瞭解genotype與phenotype之間的關聯，可推測基因的功能。 3.輔助Whole Genome Sequence Assembly：高通量定序後所組成的contigs，與全基因體限制酶酵素圖譜 (restriction map)進行比對，可瞭解這些contigs在基因體上的相對位置、方向及正確性，進而得知組裝後的gap大小與位置，也可以確認的DNA序列組裝的正確性。