Optical mapping 是利用限制酶去裁切單分子DNA,產生單分子DNA圖譜,然後將許多單分子DNA圖譜組裝起來,以得到全基因體圖譜的一種技術。
其實驗步驟如下:
一、以PDMS組成的微流道,利用毛細現象的原理,將DNA拉直,由於微流道下方的玻片為帶有正電之玻片,利用DNA帶負電的特性,將DNA固定在特殊玻片上(正負電相吸),此時,我們會得到一條筆直的單分子DNA。
圖一 此為筆直的單分子DNA
二、然後利用適當的限制酶去裁切單分子DNA,得到單分子DNA圖譜。
圖二 此為被裁切的單分子DNA,白色部分即為被裁切的地方
三、接下來,我們可以利用許多單分子DNA依據圖譜大小進行組裝。
圖三 兩條單分子DNA組裝的示意圖
四、最後即可得到全基體圖譜。
圖四 依據組裝後的圖譜,得到上方黑白的基因體圖譜
實際上在Optical mapping中,該系統會將單分子DNA圖譜依大小不同予以著色,下圖就是在Optical mapping中全基因體圖譜的圖形,上方黑白部分為組裝後的全基因體圖譜,下方彩色部份為單分子DNA圖譜組裝的情形。
圖五 Optical mapping 組裝後實際產生的圖譜
圖六 Optical mapping 在細菌基因體上組裝後的結果
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