microRNA(miRNA)是一段長度約22個核苷酸的RNA分子,由DNA轉錄而來但並不會表現成蛋白質。主要的功能為調控動物和植物的轉譯後修飾,很多癌症被發現可能由這些小RNA分子所影響。當miRNA與其被調控基因的binding target site 鍵結後,會抑制其基因的表現(抑制轉譯)或使其基因轉錄後的RNA序列斷裂。miRNA與基因binding target site通常是落在transcript的3’UTR,以miRNA 5’方向的第2到第8核苷酸(seed區域)與transcript完美鍵結,此外研究發現miRNA的seed區域與基因binding時,可以是G:U wobble的模式鍵結,或是在seed的區域有少數的核苷酸並沒鍵結(Imperfect seed);miRNA與基因的binding site也可能落在3’UTR以外的區域。

 

利用NGS的技術來定序miRNA(small RNA)後,可快速大量尋找以前未知的novel miRNA,從NGS的資料我們可以利用一些找尋novel miRNA的預測軟體例如:miRDeep and Mireap,這些軟體可以讓我們得到未知和已知miRNA和其表現量,使我們能夠更清楚了解某細胞或某組織下miRNA表現的多寡,可以減少做生物實驗的時間。了解可能會影響miRNA,其預測miRNA與其被調控的基因位置是一件很重要的事情,較早的預測軟體TargetScanPicTar可預測target binding site3’UTR seed區域完美鍵結的基因有哪些。隨後發展的miRanda可預測seed區域為G:U wobble的樣式及seed區域並非完美鍵結的情況。而PITArna22則可預測target binding site不是在3’UTR的情形。

新圖片 (9).png  

miRBase收錄有驗證註解的miRNA資料量逐年快速增加

圖片來源: http://nar.oxfordjournals.org/content/39/suppl_1/D152.full

新圖片 (10).png 

不同演算法對於預測miRNA target 的特性

圖片來源: http://www.idi.harvard.edu/uploads/investigators/Nature_Struc__Mol_Bio_Desperately_seeking_microRNA_targets_.pdf

 


 

logo_121_55.png

創作者介紹

有勁的生技資訊

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(0) 人氣()