miRNA 功能及target 預測簡介 @ 有勁的基因資訊

microRNA(miRNA)是一段長度約22個核苷酸的RNA分子，由DNA轉錄而來但並不會表現成蛋白質。主要的功能為調控動物和植物的轉譯後修飾，很多癌症被發現可能由這些小RNA分子所影響。當miRNA與其被調控基因的binding target site 鍵結後，會抑制其基因的表現(抑制轉譯)或使其基因轉錄後的RNA序列斷裂。miRNA與基因binding target site通常是落在transcript的3’UTR，以miRNA 5’方向的第2到第8核苷酸(seed區域)與transcript完美鍵結，此外研究發現miRNA的seed區域與基因binding時，可以是G:U wobble的模式鍵結，或是在seed的區域有少數的核苷酸並沒鍵結(Imperfect seed)；miRNA與基因的binding site也可能落在3’UTR以外的區域。

利用NGS的技術來定序miRNA(small RNA)後，可快速大量尋找以前未知的novel miRNA，從NGS的資料我們可以利用一些找尋novel miRNA的預測軟體例如:miRDeep and Mireap，這些軟體可以讓我們得到未知和已知miRNA和其表現量，使我們能夠更清楚了解某細胞或某組織下miRNA表現的多寡，可以減少做生物實驗的時間。了解可能會影響miRNA，其預測miRNA與其被調控的基因位置是一件很重要的事情，較早的預測軟體TargetScan、PicTar可預測target binding site於3’UTR 且seed區域完美鍵結的基因有哪些。隨後發展的miRanda可預測seed區域為G:U wobble的樣式及seed區域並非完美鍵結的情況。而PITA及rna22則可預測target binding site不是在3’UTR的情形。