隨著越來越多的基因體被定序,如何有系統地且大規模的收集和整理基因的功能和所在的生物路徑,顯得越來越重要。例如,可以透過Enzyme Commission number(EC number)得以了解酵素的分類和所催化的化學反應。在生物資訊領域,Gene Ontology (簡稱為GO)常用來協助了解一群感興趣的基因產物。

 

Gene Ontology是由Gene Ontology Consortium1998年所發起的計畫,主要目標為訂定對於所有基因功能之分類標準,起初整合了三個模式生物的資料庫,分別為FlyBase (果蠅)Saccharomyces Genome Database (酵母菌)the Mouse Genome Database (小鼠),現在已經GO的範圍已經涵蓋到原核生物和其他真核生物。

GO資料庫主要包含三個分支:

  1. 生物途徑(Biological process):指基因產物所參與的生物路徑
  2. 細胞組件(Cellular component):指基因產物在細胞內外的位置
  3. 分子功能(Molecular function):指基因產物的分子活性  
 

以在KEGG pathway database中的細菌RNA聚合酶II (RNA polymerase II)為例,RNA聚合酶II包含五個亞基(α、β、β’、γ、δ和ω),它們共同被註解在Cellular Component底下的DNA-directed RNA polymerase complex (GO term為GO:0000428),如下圖所示。

 GO0000428  

參考資料:

http://www.geneontology.org/GO.doc.shtml

http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/term_details?term=GO:0000428

 

 

 

 

logo yourgene    

YourGene 發表在 痞客邦 PIXNET 留言(2) 人氣()


留言列表 (2)

發表留言
  • 悄悄話
  • Albert Chen
  • 請問一下
    如何在linux且非圖像界面的平台上操作blast2go來進行GO註解呢?
  • 建議你使用Blast2GO Pipeline Version (B2G4Pipe),其相關說明和下載網址為http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources

    YourGene 於 2013/09/17 12:18 回覆

【 X 關閉 】

【PIXNET 痞客邦】國外旅遊調查
您是我們挑選到的讀者!

填完問卷將有機會獲得心動好禮哦(注意:關閉此視窗將不再出現)

立即填寫取消