何謂ChIP-Seq?

ChIP–seq ( Chromatin immunoprecipitation sequencing )是指染色質免疫沉澱後,所獲得的DNA片段進行高通量定序,並將此片段利用生物資訊的軟體對回至基因體,可以瞭解DNA-binding proteinshistone modifications的狀況,進而得知染色结合的調控因子的相互作用關係。

 

ChIP-chipChIP-Seq差異?

次世代定序較ChIP-chip提供更高的解析度,較少的雜訊,較少的ChIP-DNA的量,及可偵測的動態範圍及基因體範圍較廣,因此可呈現較真實的基因調控及表觀遺傳學現況。

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如何分析ChIP-Seq資料?

從次世代定序儀所得到的影像檔,會轉換成核苷酸序列,並計算每個核苷酸的錯誤率,將正確性高的序列對到基因體,找到Peak後,與對照組(通常是Input DNA)比較,利用統計學的計算此Enriched region的錯誤率,之後可進行其它的分析。

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如何找到Protein binding site?

DNA是雙股的結構,因此ChIP-Seq是從DNA5’端定序,會對到基因體的正反股,如下圖可看到藍色序列對到的是正股,紅色序列對到的是反股,因序列的數量畫出常態分佈後找到Peak,而兩者高峰處之間為Protein binding site (可稱為Enriched region)

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ChIP-Seq對照組

(1)   Input DNA:免疫沉澱實驗前,取打斷的DNA當對照組,

(2)   Mock IP DNA:打斷的DNA有經過免疫沈殿的實驗,但沒有加入抗體。

(3)   Nonspecific IP DNA:打斷的DNA經過免疫沉澱的實驗,但有加入IgG

3個對照組最常用的是Input DNA,是為了矯正DNA打斷及PCR產生的bias。另外,也可以藉由Input DNA核苷酸序列的量以及免疫沉澱後核苷酸序列的之間比較瞭解ChIP的效率,如下圖,此圖也可以瞭解ChIP-SeqChIP-chip差異,前者可獲得高解析度及高敏感性的資料。

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Reference:

Nature Review Genetics 10, 669-680 (October 2009)

 

 

 

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  • 謝謝~好詳細喔!

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