FPKM 是 Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads 的縮寫,FPKM 與 RPKM 其實是幾乎一樣的東西,都是用來衡量 transcripts (mRNA) 表現量一種指標,兩者主要的不同在於計算單位上的不同,RPKM 是以 Reads 為單位,而 FPKM 是以 paired-end reads 為單位,一對 paired-end reads 視為一個 Fragment,所以 FPKM 僅適用於 paired-end 的定序資料。
在 RPKM 中,只要 read 能 map 到 transcripts,即列入計算,在 FPKM 中,只有 paired-end reads 都能 map 到 transcript (在符合 quality 條件下),才列入計算,若 paired-end reads 中只有一個 read 能 map 到 transcript,或是其中有某個 read 的 quality 太差,都不會列入計算。

FPKM 目前主要常見於 Cufflinks 這個 RNA-Seq 分析軟體的分析結果上。

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  • 請問如果利用RPKM計算pair-end reads的表現量,結果跟FPKM相比會差很多嗎?
  • RPKM計算時會包含broken reads,相對於FPKM的計算方法會高估表現量

    YourGene 於 2013/04/03 23:21 回覆