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70年代的研究指出細菌細胞的數量是人類細胞數量的10倍,也就是說細菌的細胞數比上人類的細胞數是10:1,也有科學家推測是100:1,40年來我們都不曾去懷疑過人體身上的細菌數量比人體細胞多,直到2016年初的研究,重新估算了這個比值,認為是1:1 (Fig. 1),一舉推翻了過去幾10年來的估算結果,然而細菌的數量高估,不代表著他的重要性降低,相反的,細菌在人體身上扮演的角色一直被低估的;過去,總是認為這些細菌大多數都是對人體無益的,甚至是有害,受限於培養的研究方式,一直無法全面性的去了解人類身體上的菌群完整圖像,因為絕大部分的細菌是無法被培養的,這種以管窺天的研究方式,直到metagenomics與NGS技術發展,才得以有所突破。

Figure 1 比較1972年的文獻與2016年估算細胞量的方式的差異。

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Circular RNAs是一種環型的non-coding RNA,雖然早在1970年就被發現,但在近5年才因為NGS的技術,讓科學家能夠更深入的一探究竟。一般我們熟知的基因,是轉錄後經Splicing形成的線性RNA(linear RNAs),circRNAs則是形成環狀的封閉結構。

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孕期缺鐵對胎兒出生後短期或長期的認知及行為異常有關,可能會增加自閉、焦慮、沮喪、睡眠障礙及精神分裂等與神經或精神相關疾病之風險。也許你會覺得既然缺鐵那麼就給予鐵劑治療,然而這樣的治療是有限的,給予鐵劑治療能夠改善急性症狀(感覺、動作障礙),但對於學習力及行為異常的治療則是相當有限。這些永久性的改變,可能與大腦中海馬迴神經元形態與谷胺酸神經傳遞(glutamatergic neurotransmission)異常有關。

科學家們在動物實驗中企圖透過營養素「膽鹼」的補充(補充時機:妊娠晚期或新生兒哺乳早期)來彌補孕期缺鐵對子代造成的健康危機,目前發現改善行為異常、認知障礙以及扭轉了基因Bdnfbrain-derived neurotrophic factor)基因外修飾,但對更深入的分子機制仍不清楚。(選擇補充膽鹼的原因可能與膽鹼參與體內的單碳代謝及作為甲基提供者有關)

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在大家的研究的過程中,應該很容易遇到需要將組裝的基因體上傳到NCBI資料庫上的需求。現在這些步驟,可以很輕易地使用一連串NCBI提供的網頁介面或是工具完成,這篇文章就來簡單的介紹這些工具該如何使用。

利用 NCBI Submission Portal 上傳 draft genome

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在表觀基因體學中,Histones與其上攜帶的修飾是否可以被帶到下一代中一直是核心的爭論議題。不像是DNA或是其他核酸樣板的修飾,Histones修飾的遺傳性一直都還未能解決。主要原因在於Histones到底是如何的在核酸複製時產生之replication fork中同步遺傳仍然是未解之謎。

不過有越來越多的證據顯示在Histones上的標記應該是可以進行遺傳的。在2015年的兩篇Science發表的報告顯示了H3K9甲基化是可以遺傳到好幾個細胞世代。MoazedAllshire的團隊分別發現了這個現象,如下圖一,在Clr4 H3K9 methyltransferase作用下,H3K9me可以在不同世代的酵母菌(Schizosaccharomyces pombe )中產生遺傳作用,而且是在沒有cis-acting transcription factors或是相關DNA sequence情形下產生。重要的是,需要抑制住Epe1(一個推定的 demethylase)之作用。在Strome等人也發現類似的現象。他們在C. elegans上發現與Polycomb repressive complex 2(PRC2)有關的H3K27甲基化在沒有PRC2的時候也能夠表現在子代。雖然有這些證據,但是詳細的分子機轉仍然有待研究。有部分可能可由PRC2之結構有關。

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有研究指出有40%的機率成年男性/女性會發生禿頭(這裡指的是一般常見的雄性禿androgenic alopecia),而發生的主要原因為毛囊對於具有高活性的雄性賀爾蒙(雙氫睪固酮)感受性增加有關,意即是體內的雙氫睪固酮被生成可能會導致毛囊萎縮造成落髮。血液之中會含有許多的雄性賀爾蒙(睪固酮)絕大多數(~97%)會和血漿蛋白結合而不會進入毛囊組織中,但仍有少數(~3%)游離的睪固酮會進入組織中並與 還原酶 (5 alpha reductase)作用生成雙氫睪固酮(DHT)(如圖1)。接下來,毛囊組織中的雄性激素受體androgen receptor會分別和這些睪固酮及雙氫睪固酮結合並進行後續的調控,而影響毛囊的生長(如圖2)

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